ここは大西部のガンフロンティア。
トチローとハーロックの男二人組、そして謎の美女シヌノラのいつ果てるとも知れない旅は続く。
トチローとハーロックはアメリカに漂着した日本人の子供であり、幼い頃に白人によりイエロークリークの集落を追われちりぢりになった同胞を探すために旅を続けていた。
方々で日本人にコンタクトを試みるが接触はままならず、様々な妨害を受ける。
その一方でシヌノラの真の目的が日本民族の抹殺と知るも、トチロー達は豪放にも3人旅を続けるのだった。
そして旅先で出会った日本人孤児たちの死を目の当たりとし、生き残った同胞が日本へ向かった事を知ったトチローは、死をも覚悟の上で日本への渡海を決意する。
シヌノラの胎内に己の子を託し、ハーロック達とニコヤカに笑いながら別れ、トチローは単身ガンフロンティアを船出するのだった。